公元1227年太祖成吉思汗親率蒙古軍隊南渡黃河攻占積石州，三月占領(lǐng)西寧州，從此，西寧并人蒙古帝國(即后來的元朝)的統(tǒng)治。元代除京師附近地區(qū)直隸中書省外，在全國設(shè)十行中書省(簡稱行省)為地方最高行政建置，西寧州隸屬于甘肅行省所轄七路二州之一。元朝撤消金、夏時的樂州，將原樂州所轄地區(qū)并入西寧州。這樣，整個湟水流域統(tǒng)由西寧州管轄。公元1 286年(元至元二十三年)元朝政府在今西寧設(shè)立西寧拘榷課程所，負(fù)責(zé)管理西寧等地賦稅征收、市場貿(mào)易及錢糧轉(zhuǎn)運等。
